Au-delà de cette diversité, on remarque cependant au Mali une certaine unité religieuse, puisque la population est musulmane à 90 p. 100 . Cette religion est néanmoins souvent associée à des pratiques animistes. Présent depuis le XI e siècle, l’islam est en progression constante. Des poches animistes existent cependant, notamment chez les Dogon et les Senoufo.

La plupart des musulmans maliens appartiennent à des confréries, principalement la Qadiriyya et la Tijaniyya. La première est la plus ancienne et a surtout recruté dans des milieux culturellement proches du monde arabe. La seconde est plus indigène. Elle s’est répandue au XIX e siècle sous l’action d’El Hadj Omar Tall. Plus récemment, ces deux confréries ont été concurrencées par la Hamalliyya , secte dissidente de la Tijaniyya , dont le fondateur, Cheikh Hamallah, fut exilé par les autorités coloniales en France où il mourut (1943).

Enfin, un mouvement réformiste, critique du confrérisme, s’est développé à partir des années trente. Connu sous le nom de Wahabiyya (du nom du mouvement réformiste d’Arabie Saoudite au XVIII e siècle), il a des adeptes en milieu urbain et notamment dans les communautés dioula. Il a été à l’origine d’une promotion et d’une rénovation spectaculaires de l’enseignement arabe.

En 1980, le gouvernement, dans un souci d’unification de ces différentes communautés, mais aussi pour endiguer les initiatives islamistes trop radicales, suscita la création de l’Association malienne pour l’unité et le progrès de l’islam (A.M.U.P.I.).

Les chrétiens sont une petite minorité (un peu plus de 1 p. 100 de la population totale), essentiellement des catholiques présents surtout chez les Bobo et les Dogon.